随着益生元定义的拓宽，多酚类化合物已成为一个备受瞩目的新赛道。研究表明，多酚不仅能作为益生元，还可能扮演一种“双效生物制剂” (duplibiotics) 的角色，即同时选择性地促进有益微生物生长，并抑制病原菌。它们通过与肠道或皮肤微生物群的复杂相互作用发挥作用。
[表1总结了橙汁、芒果、黑加仑、蔓越莓、绿茶等多种植物提取物的体内研究，证明其对特定有益菌（如Akkermansia, Lactobacillus）的促进作用和对有害菌（如Clostridium）的抑制作用。]
在这一领域，酶技术发挥着不可或缺的双重作用：提取增强和结构修饰。
酶辅助提取 (Enzyme-Assisted Extraction): 利用纤维素酶、果胶酶、木聚糖酶等细胞壁降解酶，可以有效破坏植物细胞的物理屏障，从而显著提高多酚的提取效率和总酚含量。例如，使用复合酶处理洋葱皮，可使槲皮素的提取率提高1.6倍以上。
酶促结构修饰 (Enzymatic Structural Modification): 这是更深层次的应用，即利用酶作为精密的生物催化剂，对多酚的化学结构进行“剪裁”，以优化其生物活性。这一策略被称为“生物活性调节” (bioactivity tuning)，是创造高附加值成分的关键。
β-葡萄糖苷酶 (β-glucosidase): 可将天然存在的酚苷水解为其苷元形式。例如，将洋葱皮中的槲皮素糖苷水解为生物利用度更高的槲皮素。
鞣酸酶 (Tannase): 能够特异性地切除没食子酸酯基。例如，将绿茶中的表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）水解为表没食子儿茶素（EGC）和没食子酸。研究发现，脱去没食子酸基团后的产物可能具有更强的抗氧化和益生元活性。
α-L-鼠李糖苷酶 (α-L-rhamnosidase): 可进行选择性的部分脱糖基化。一项关键研究发现，与相应的苷元或二糖苷（如芦丁、橙皮苷）相比，经鼠李糖苷酶处理得到的单糖苷形式（如异槲皮苷、橙皮素-7-O-葡萄糖苷）对人体肠道菌群的有益影响最为显著，能更有效地促进双歧杆菌和乳酸杆菌的增殖。这揭示了一个深刻的规律：酶可以作为一种“生物开关”，将天然存在但活性较低的分子转化为高活性的功能成分。
此外，对皮肤菌群的研究为这些技术开辟了一个全新的高价值市场。研究证实，经酶法（使用Viscozyme® L等复合酶）处理的黑加仑提取物，在调节皮肤菌群平衡方面（促进有益的表皮葡萄球菌，抑制有害的金黄色葡萄球菌）优于传统提取物。这不仅归因于花色苷部分水解形成的单糖苷，也与酶解产生的寡糖协同作用有关，成功地将食品/补充剂技术与化妆品行业连接起来。
